По-прежнему постоянными источниками загрязнения подземных вод остаются шламоотстойники Селенгинского ЦКК и ТЭЦ, очистные сооружения. Основными загрязняющими веществами подземных вод являются нефтепродукты и азотистые соединения (аммоний, нитраты).
В районе очистных сооружений отмечается высокая окисляемость (297 мг/дм3) и минерализация подземных вод (до 2,4 г/дм3).
В пгт. Каменск за счет золоотвала Тимлюйской ТЭЦ постоянно идет загрязнение подземных вод аммонием (4-9,5 г/дм3) и нефтепродуктами (до 45 ПДК).
В населенных пунктах Селенгинского района (ул. Тохой, с.Новоселенгинск, с. Ташир, ст.Сульфат и др.), кроме распространения некондиционных подземных вод с концентрацией фтора выше ПДК (1,6-3,3 мг/дм3), повсеместно подземные воды загрязнены нитратами и нитритами за счет бытовых отходов. Интенсивность загрязнения составляет 2-4 ПДК.
Населенные пункты и предприятия побережья Байкала сбрасывают недостаточно очищенные сточные воды в озеро Байкал, содержащие нефтепродукты, СПАВ, азотистые соединения (NH4, NO2, NO3), хлориды, сульфаты.
В 2003 г. предприятиями- водопользователями МУП «Коммунальщик» (пгт Выдрино) и МУП «Жилкомхоз» (г.Бабушкин) сброшено 342 тыс.м3 недостаточно очищенных сточных вод, а количество загрязняющих веществ составило около 148 тонн.