Далее мы обсудим различие в их влиянии на нижние (тропосферу) и верхние (стратосферу) слои атмосферы. В «нормальной» атмосфере условия в этих двух зонах существенно отличаются. В тропосфере заключено примерно 90 % всей массы атмосферы. Сложные процессы, которые мы обычно объединяем в понятии «погода» (включая дождевые осадки), в основном происходят именно здесь. В стратосфере условия более стабильны. Эти зоны имеют различный химический состав, и загрязняющие вещества действуют на них также по-разному. Следует, однако, напомнить, что химические вещества, выделяющиеся после ядерных взрывов, будут поступать не в «нормальную» нынешнюю атмосферу, а в новую, «послевоенную», метеоусловия в которой существенно изменятся из-за присутствия огромного количества сажи и пыли.
Численные модели, используемые в настоящее время для изучения химического состава атмосферы, построены с учетом условий и процессов, характерных для нормальной атмосферы. Однако после ядерной войны эти условия и процессы в корне изменятся, и существующие модели не способны адекватно отобразить эти изменения. По всей видимости, взаимодействия между различными химическими компонентами атмосферы и частицами пыли и сажи могут заметно повлиять на химический состав тропосферы. Эти взаимодействия только начали исследовать, поскольку в нормальной атмосфере они малосущественны.