На примере биогеохимических циклов была рассмотрена связь между биотическими и абиотическими компонентами экосистемы. Биотическая часть называется также биотой, биоценозом или биотическим сообществом. Биотическое сообщество — это любая совокупность популяций, населяющих определенную территорию (биотоп), это своего рода организационная единица в том смысле, что она обладает некоторыми особыми свойствами, не присущими слагающим ее компонентам — особям и популяциям. Примеры эмерджентных свойств биотического сообщества — видовое разнообразие, соотношение приспособительных типов, структура пищевой сети, биомасса и продуктивность. Главная цель экологии сообществ — установить, чем различаются такие свойства в разных экосистемах в зависимости от физических условий и видового состава. Биотическое сообщество постоянно меняет внешний облик (мысленно сравните осенний и зимний лес), при этом оно обладает собственной структурой и функциями.

Реальные экологические системы почти никогда не бывают совершенно закрытыми; напротив, как правило, они обмениваются веществом и энергией с другими системами. Сообщество покидают одни особи, а взамен появляются новые. Кроме того, поскольку физическая среда постоянно изменяется, а организмы реагируют на изменения с опозданием, популяции и сообщества редко достигают равновесия со средой. На каждый данный момент времени в сообществе велик процент случайных связей, а распределение особей в пространстве с трудом поддается учету.
Иногда при изучении сообществ все организмы, обитающие в каком-либо районе, рассматриваются вместе, хотя без помощи большого числа специалистов по систематике такое возможно не часто. Первый шаг при описании сообщества — составление списка видов. Даже в том случае, если «перепись населения» ограничена одной систематической группой в составе сообщества (например, птицами, насекомыми или растениями) или группой с особым типом жизнедеятельности (например, травоядными, детритофа-гами), данные такого рода позволяют заметить две важные закономерности: видовое богатство территории прямо пропорционально разнообразию ее экологических условий; видовое богатство сообщества растет одновременно с расширением площади и уменьшается по мере увеличения однородности последней.
Видовой состав и его разнообразие — только два из возможных способов описания сообщества. Исторически основной акцент при изучении разнообразия делается на соотношении разных видов, то, по-видимому, свидетельствует о ведущей роли, которую играют в изучении сообществ систематики. Не менее важна для понимания свойств сообщества информация о его внутренней организации. Так, у многих видов в жизни сообщества может быть неодинаковой доля разных стадий жизненного цикла (например, головастики/лягушки, гусеницы/бабочки). Часто строение разных видов определяет колоссальную разницу в использовании ресурсов (дерево по сравнению с травой, корова по сравнению с нематодой). Эти типы разнообразия также заслуживают внимания.