Наличие или отсутствие естественного отбора и тип отбора (если последний имеет место) играют основную роль в поддержании генетического разнообразия. Если эффективная численность популяции достаточно мала для того, чтобы дрейф генов превысил влияние отбора, может оказаться полезным предположение о селективной нейтральности, которое позволяет предсказать эволюционные последствия отбора. С этой точки зрения, как мы дальше увидим, смысл понятия «малочисленная популяция» зависит от типа генетической изменчивости, а также типа и интенсивности отбора.
Направленный отбор действует в сторону увеличения числа особей с крайними значениями признака и при достаточном уровне генетической изменчивости приводит к многолетнему изменению частот аллелей или среднего значения количественного признака. Уравновешивающий и стабилизирующий отбор благоприятствует особям с промежуточным значением признака; при этом благодаря преимуществу гетерозигот может поддерживаться устойчивый полиморфизм по моногенному признаку. Однако стабилизирующий отбор действует в направлении уменьшения генетической изменчивости количественных признаков (см., например, Waddington, 1960; Scharloo, 1964; Wright, 1969).