Почти все представители этого типа — микроскопические организмы. Величина самых маленьких простейших не более 2—4 мкм, но размеры некоторых морских форм достигают нескольких миллиметров, а ископаемых нуммулитов — даже 3 см. Клетки простейших, как у всех ядерных организмов, состоят из ядра, цитоплазмы и оболочки, или мембраны. Оболочка у многих простейших уплотняется, в результате чего образуется пелликула, придающая им определенную форму и усиливающая защиту организма от механических повреждении. У многих свободноживущих видов простейших клетка заключена в образованную ею раковину, которая в основном играет защитную роль, Строение раковин и их химический состав у представителей разных групп простейших различны. В цитоплазме и ядре имеются органоиды, ранее упомянутые в характеристике ядерных организмов. Кроме органоидов, в цитоплазме имеются разные включения: запасные вещества, поглощенная пища и. т. д. В то время как органоиды являются постоянными составными частями клетки, количество и состав включений могут сильно меняться. Цитоплазма связывает между собой все части клетки. Она представляет собой сложную коллоидную систему, состояние ее обычно полужидкое, но может значительно изменяться под действием внешних и внутренних условий. Существенные изменения (морфологические, химические и физиологические) происходят и в ядре. Изучением этих процессов занимается цитология.