Перенос веществ. В клетках простейших перенос веществ происходит путем диффузии растворенных веществ (кислорода, продуктов диссимиляции, переваренной пищи и т. д.). Кроме того, наблюдаются постоянные токи в цитоплазме, способствующие переносу разных веществ, движению пищеварительных вакуолей (пузырьков с водой, в которых переваривается захваченная пища, см. дальше).
Процессы диссимиляции. Энергия, необходимая для различных процессов, совершающихся в теле простейших, освобождается большей частью в результате процессов окисления (дыхания) органических веществ клетки. Кислород, нужный для дыхания, поглощается всей поверхностью тела животного. У ряда простейших, живущих в бескислородной среде, процессы диссимиляции совершаются по типу брожения.
Выделение. Продукты диссимиляции выделяются через всю поверхность тела, а у многих простейших и через сократительные, или пульсирующие, вакуоли. Эти органоиды представляют собой светлые, прозрачные пузырьки, периодически наполняющиеся жидкостью до определенного предела, затем спадающиеся при выделении ее наружу. Главная функция сократительных вакуолей — удаление избыточной воды из клетки. В связи с этим интересно отметить, что вакуоли имеются, как правило, у пресноводных простейших, редки у морских и обычно отсутствуют у паразитических. Такую закономерность легко объяснить. Поскольку в цитоплазме концентрация солей выше, чем в пресной воде, то, очевидно, в организм все время извне поступает вода, избыток которой необходимо быстро удалять. В соленой же воде и в организмах хозяев концентрация солей не ниже, а иногда выше, чем концентрация солей в теле простейших, и поступления избыточной воды в тело последних не происходит. Больше того, простейшим, обитающим в таких условиях, угрожает отнятие воды более концентрированным раствором и им необходимы различные приспособления, удерживающие воду в организме.