Как и в Западной Европе, многие реки в Центральной и Восточной Европе страдают от серьезного загрязнения на участках течения ниже крупных городских зон. Особенно сильно загрязнение органическим отходами (БПК), и, вероятно тяжелыми металлами и микрозагрязнителями в результате сброса промышленных и муниципальных стоков, подвергшихся лишь частичной очистке, а то и вовсе неочищенных. Однако, лишь некоторые из рек являются биологически "мертвыми" (исключая малые "протоки, которые служат "канализационными каналами"), и в целом они, вероятно, чище, чем реки, протекающие через крупные промышленные центры Западной Европы 20 или 30 лет назад.
В то время, как внимание сосредоточено на (крупных) точечных источниках загрязнения воды, таких как промышленные предприятия (включая предприятия интенсивного животноводства) или муниципальные объекты, важно помнить, что на неточечные источники, в особенности на ливневые и сельскохозяйственные стоки, приходится, вероятно, основной объем сбросов органических отходов в реки и озера (60-70% азота, 40-50% фосфора). Оценки для рек, впадающих в Балтийское море, говорят о том, что доля загрязнения из неточечных источников составляет как минимум 50 процентов.