В районе г. Гусиноозерска расположена Гусиноозерская ГРЭС. Основными источниками (объектами) загрязнения подземных вод являются промплощадка ГРЭС, шламоотстойники I и II очереди, подсобное хозяйство ГРЭС. Подземные воды здесь загрязнены повсеместно нефтепродуктами (3-8 ПДК), имеют повышенную жесткость (до 3 ПДК) и минерализацию (до 2 ПДК). Кроме того, в некондиционных водах отмечается высокая концентрация фтора (до 3 ПДК). В химическом составе вод преобладают хлориды и натрий. В районе подсобного хозяйства подземные воды имеют высокую окисляемость и загрязнены азотистыми соединениями.
Концентрация нитритов достигает 15 мг/дм3 (ПДК - 3 мг/дм3) и аммония - 13 мг/дм3 (ПДК - 2 мг/дм3).
В районе Гусиноозерского промышленного узла продолжается сброс промышленных и бытовых сточных вод в озеро Гусиное.
В 2003 г. предприятиями г. Гусиноозерска - МУП «Горводоканал» и ГРЭС сброшено 4,1 млн.м3 бытовых и промышленных сточных вод, содержащих 809,8 тонн загрязняющих веществ. Основными загрязняющими компонентами, сбрасываемыми в озеро Гусиное, являются: взвешенные вещества - 18,4 т, нефтепродукты - 0,3 т, хлориды -85,7 т, сульфаты - 106,88 т.