Эффективная численность популяции — это число особей в некой, идеальной популяции, которая обладает такими же генетическими свойствами (в смысле дрейфа генов), как и реальная популяция с ее сложными демографической структурой, соотношением полов и т.д. Рассмотрим один из методов оценки эффективной численности реальной популяции.
Если отдельные поколения дискретны и не перекрываются, то оцепить эффективную численность данной панмиктической популяции с известным соотношением числа самцов и самок, изменчивостью числа потомков (которое может зависеть от пола) и колебаниями численности сравнительно просто (Wright, 1969; Crow, Kimura, 1970). Дискретные поколения можно выделить лишь у немногих видов позвоночных, однако примем это допущение, чтобы проиллюстрировать некоторые общие принципы, использующиеся при оценке эффективной численности популяций. Если поколения перекрываются, то ситуация оказывается более сложной, поскольку в увеличивающейся или уменьшающейся популяции число потомков, произведенных за время жизни родительской особи, больше не может служить адекватной характеристикой индивидуальной приспособленности, а время генерации у разных полов может различаться. Мы рассмотрим метод, который наряду с другими перечисленными факторами учитывает влияние перекрывания поколений. Будем считать, что популяция является панмиктической и иммиграция отсутствует. Несколько позже мы обсудим влияние на оценку Ne расчлененности популяций и миграции особей.