В южной части региона преобладают соленые, обычно мелководные озера, а в понижениях часто встречаются влажные солончаки, имеющие небогатую, но характерную фауну. Совершенно особое животное население свойственно побережьям протекающих через пустыни крупных рек, покрытым тугайными зарослями. Здесь много влаголюбивых насекомых, в том числе кровососущих двукрылых. Много слепней и цветочных мух, комаров. Очень много бабочек, жуков листоедов, растительноядных клопов и саранчовых. Древесину поедают жуки дровосеки (Aeolestes sarta и Др.) и златки p. Capnodis.
Из млекопитающих для тугаев характерны особый подвид домовой мыши, земляная крыса, кабан и тугайный олень, шакал, камышовый кот, многочисленные летучие мыши. Раньше в основном здесь держался тигр. Птиц также чрезвычайно много. Из насекомоядных видов многочисленны камышовки, славки, синицы, щурки, сизоворонки и кукушки. Встречаются утки, кулики, бурый голубь, фазан, коршун, орлан-долгохвост. Много амфибий — жаб и лягушек. Рептилий мало. Одна из немногих характерных для тугаев форм — золотистая мабуя.
Очень много различных озер (пресных и соленых) в степи и лесостепи Центрального Казахстана. Пресноводные и солоноватоводные озера лесостепи и степи, обычно богатые зарослями тростника и погруженной водной растительностью, имеют необычайно разнообразное животное население. Раньше здесь были массовые гнездовья серых гусей и многочисленных уток (в основном серая утка, шилохвость, кряква, чирки, красноголовый и хохлатый нырки). Много здесь лысух, поганок, чаек (сизая, речная и малая), черной и белокрылой крачек, куликов, болотных курочек и многих других птиц. Гнездятся здесь и лебеди шипун и кликун, чернозобая гагара. Эти озера служат местом массовых стоянок северных пролетных птиц — водоплавающих и куликов. В тростниках держатся серый журавль и кабан, многочисленны водяная крыса и ондатра. Много здесь и хищников — болотных луней, горностаев и др. В настоящее время в связи с интенсивным сельскохозяйственным освоением лесостепного и степного Казахстана, численность водоплавающих птиц сильно снизилась.