Таковая имеется у турбеллярий, моногеней и, за некоторым исключением, у трематод. Анального отверстия нет, и непереварившиеся остатки пищи выходят, как и у кишечнополостных, через рот. Особености этой системы в разных классах типа отмечаются в их характеристиках. У цестод пищеварительная система редуцировалась.
Размножение. Плоские черви в основном гермафродиты. Оплодотворение внутреннее. Строение полового аппарата у подавляющего большинства, особенно у паразитов, очень сложное и только у самых примитивных турбеллярий — простое. Характерные черты органов размножения каждого класса описаны ниже.
Развитие. У морских турбеллярий развитие происходит с превращением, у пресноводных турбеллярий — прямое, у паразитов — с превращением, особенно сложное — у трематод и цестод.