Моллюски также являются фильтраторами. Втыкаясь передним концом раковины в мягкое дно водоема, они создают ток воды, действуя ресничками жабер, мантии и ротовых лопастей. Начинается этот поток у заднего окончания раковины, там, где вода втягивается; из выпускного отверстия она изливается. Поток воды приносит моллюску и кислород и питание. Подробности приема пищи можно наблюдать у моллюсков, на раковинах которых проделано специальное «смотровое окошко». Оказалось, что внешняя стенка жабер постоянно затянута слизистой «занавеской». Эта «занавеска» при входе пропускает воду, затем из раковины выходящую. При этом в слизи застревают частички корма, подчас не слишком мелкие. На ресничной бороздке, расположенной на нижнем краю жабер, слой слизи постоянно закатан, как ковер, и выдвинут вперед. Там две покрытых ресничками лопасти передают прилипшие частички пищи в рот, а неподходящие частицы выбрасывают. Таким образом, моллюски одновременно и загоняют во внутрь себя воду, и фильтруют ее. Было подсчитано, что 8-сантиметровая мидия в час прогоняет через себя от 1,8 до 5 л воды.
Весьма просто устроенные губки также являются фильтраторами со специфическим устройством, напоминающим насос. Внутри тела губки находятся жгутиковые клетки, создающие ток воды; вода поступает сквозь тонкие поры тела и выводится наружу через выводное отверстие (osculum). Частички пищи, привносимые током воды, поглощаются самими жгутиковыми клетками или же особыми блуждающими клетками. Губка величиной примерно с человеческую голову должна ежеминутно пропускать через себя не меньше 2 л воды, что составляет свыше 28 гектолитров в сутки.