Лекарственные вещества требуют определенных условий хранения. Дезинфицирующие и сильно действующие вещества хранят в специальных помещениях, в условиях, исключающих доступ посторонних лиц и животных.
Вещества, портящиеся под влиянием тепла, хранят в холодном месте или холодильнике, летучие вещества — в хорошо закупоренной посуде или закрытой таре, разлагающиеся на свету — в темной стеклянной посуде. Йод и хлорную известь содержат в хорошо закрытой таре в темном месте и отдельно от металлических предметов. Лекарственные препараты, способные притягивать влагу, размещают в сухом месте, лучше в шкафах. Для воспламеняющихся веществ оборудуют специальные изолированные помещения отдельно от других лекарственных веществ. Биопрепараты хранят в подвальных помещениях.
Лекарственные вещества в аптеках отпускают по рецептам врача. Учет поступления и расходования лекарственных веществ ведут в специальных книгах.